Ten slotte hebben we een puma 36 reeks analyses uitgevoerd om de demografische geschiedenis van poema's te onderzoeken.We hebben neutraliteitstests uitgevoerd (Tajima's D, Fu & Li 'D * en F *, Fu's F's) met DnaSP, evenals een analyse van de verkeerde combinatie (Rogers en Harpending, 1992; Schneider and Excoffier, 1999) met Arlequin.

Daarnaast gebruikten we het programma Beast 1.6.1 (Drummond en Rambaut, 2007) om schattingen van coalescentie-tijden en demografie uit het verleden uit te voeren. We definieerden het beste model puma cali sneakers van nucleotidesubstitutie voor onze dataset, namelijk HKY (Hasegawa et al. , 1985) G-model, gebruikmakend van het Akaike Information Criterion (AIC, Akaike, 1974) geïmplementeerd in jModelTest puma witte sneaker 0.1 (Posada, 2008). Onze eerste set Beast-runs was gericht op het schatten van de moleculaire kloksnelheid voor ons segment in poema-afstammingslijnen.

De BSP-analyses werden alleen uitgevoerd voor sets (i) en (ii), omdat hun grotere steekproefomvang robuustere demografische gevolgtrekkingen mogelijk maakte De MCMC-parameters waren hetzelfde als in de eerste set Beast-analyses.

Geografische verdeling van de puma vikky stacked hier geanalyseerde Puma-concolormonsters Blauwe lijnen geven drie grote rivieren aan De verschillende kleuren geven de zeven groepen aan die met de AMOVA zijn geïdentificeerd (zie tekst en tabel 3 voor details): Noord-Centraal-Amerika Noord-Amerika (NCA NA, in lichtroze ), Zuid-Centraal-Amerika (SCA, in donkerroze), Noord-Zuid-Amerika (NSA, in donkergroen), Centraal-Noordoost-Zuid-Amerika (CNESA, in mediumgroen), Oost-Zuid-Amerika (ESA, in lichtgroen), puma 44 Centraal-Zuid-Zuid-Amerika (CSSA, in lichtblauw) en Zuidwest-Zuid-Amerika (SWSA, in paars).

Toen de P. yagouaroundi-sequenties werden gebruikt als outgroups in het netwerk (Figuur 2A), werden ze door 85 mutatiestappen verbonden met puma haplotype H01, wat deze positie voor de puma-mtDNA-wortel ondersteunde.

Haplotype H01 wordt gevonden in centraal Zuid-Amerika (Paraguay, evenals de Braziliaanse staten MS, SP en MG), en verschilt met minstens zes mutatiestappen van de belangrijkste haplotypes in Noord- en Midden-Amerika. Toen de M. trumani-sequentie in de netwerk (Figuur 2B), werd de lengte van de sequentie-uitlijning teruggebracht tot 286 bp om overeen te komen met het segment dat beschikbaar is voor deze outgroup.